東線和西線一期投資達2000多億
按照現在的估算，東線和中線的一期工程動態投資大概2000多億。其中，東線的一期工程是調水39億立方米，加上江蘇省已經實施的調水工程，總調水量是89億立方米，中線的第一期工程調水量是95億立方米。將來還有二期、三期工程，東線工程最終的調水規模可能達到175億，中線工程的最終規模大概130億。西線的最終規模達到170億。這三條線如果全部實施的話，大概有400多億的水要從長江流域流到北方。
一期工程投資超出預期80%
有人分析，三峽工程的實際資金投入量要比預期多很多，這樣下去，會不會造成資金投入的無底洞？潘家錚院士認為，我一期工程資金初步估算超過了當初規劃估計約80%到90%。分析其原因，是由于工程設計方案的改變，工作措施的變化，工作量增加引起的投資增長。但是這部分增加的數量不太多。這部分資金主要用于植物、水土保持的需要，移民安置，國家對移民的政策調整了，賠償補償的標準提高。南水北調是國家新建的工程，最容易發生投資失控，每一個分段，都要嚴格進行控制，實行項目發生責任制，招標投標制，經營制和合同管理制的現代化的方法，嚴格的進行階段控制，這樣南水北調的質量也好，進度也好，資金也好，都能夠得到控制。這部分資金目前來看還是很透明的，國家也能夠控制的很好，不會是一個無底洞。
水價不是經濟問題 而是政治問題
南水北調工程不是一項盈利的工程，管理機構并不是一個盈利的企業。南水北調工程是對我國的水資源進行全面戰略性配置，是體現一個國家的意志，是為民造福，為國家造福的工程。像這樣的工程，主要的投資就是應該由國家承擔。至于水價提高，這個只能是較小的一部分。南水北調工程不能完全依靠水價的調整來解決資金問題。我們國家每一年要征收那么多的稅，除了要支付行政費用，就是要做一些無利可圖的事。比如說國防建設，生態環境的保護、修復。支持、發展科技、教育事業等等，這些工作，都是要靠國家來做。
但這并不是說，南水北調的水就可以無償的低價的供應給北方地區，如果要是這樣做的話，不但成為財政方面的負擔，而且不利于北方地區的節約用水，高效用水，科學用水。調水的總價在總體上應該跟現在瘦水區的平均水價相當或者高一些。要在瘦水區可以承受的范圍之內，這個所謂水價是平均的水價，不同的城市有不同的水價。水價的確定一方面要能夠保證這個地區國民經濟合理的增長，保證這個地區人民的生活水平合理提高，要能夠保證這個地區的生態環境問題能夠很快的恢復。另外一方面，應該能夠促進節水，促進高效用水的發展。所以這個水價問題，與其講是一個經濟問題，實際上更多的是政治問題。而且要采取很多具體有效的政策跟措施，才能夠解決。
