新疆地處祖國西北邊陲，位于亞歐大陸腹地，區內降水稀少，氣候干燥，蒸發強烈，是典型的內陸干旱地區，水資源時空分布極不平衡。一般來說，西部和北部多，東部和南部少；山區多，平原少；汛期多，旱季少。根據自然地理特征，將新疆劃分為南、北、東疆三個區域（圖1）。
新疆水資源總量為835億立方米。區內地表水資源量為789億立方米，地下水天然補給量46億立方米，多年平均河川年徑流量總量為879億立方米，其中境外來水量約90億立方米（水資源分布及其開發利用情況詳見表1）。全疆山區面積約66萬平方千米，約占全疆總面積的40%，而山區年均總降水量為2048億立方米，占全疆年均總降水量2429億立方米的84.3%。
新疆人均水資源量約為4223立方米，遠高于全國人均水資源量2400立方米，在全國31個省區直轄市中排名第三位。但由于新疆面積遼闊，單位面積水資源量僅為5萬立方米，為全國平均水平的1/6，位列全國倒數第三位，因此，新疆水資源合理開發和利用顯得尤為重要。
新疆的地表水資源主要由河流、湖泊和冰川3部分組成。河流都是直接或間接發源于山區，主要接受補山區大氣降水和冰雪融水補給。其中較大的有塔里木河（中國最大的內陸河）、伊犁河、額爾齊斯河、瑪納斯河、烏倫古河、開都河等20多條。具有“夏洪、冬枯、春旱、秋缺”的特征。同時，新疆有許多自然景觀優美的湖泊，總面積達9700平方千米，其中大于1平方千米的天然湖泊139個，其中著名的十大湖泊是：博斯騰湖、艾比湖、布倫托海、阿雅格庫里湖、賽里木湖、阿其格庫勒湖、鯨魚湖、吉力湖、阿克薩依湖、艾西曼湖。全疆有大中型水庫498座，總庫容量84億立方米。最后還有分布于天山、昆侖山、阿爾泰山和帕米爾高原的冰川，總面積為2.58萬平方千米，占全國冰川總面積的46.2%，冰雪儲量2.58億立方米，占全國冰川儲量的49.5%，是天然的“固體水庫”。
山區降水是新疆地表水、地下水的同一水源，地表水出山口后通過河道、水庫等不同途徑入滲轉化為地下水。受氣候影響，降水較多的北部及西部徑流和地下水均豐富，而干燥的東部及南部地下水貧乏。山前至盆地的第四系構造深厚，是儲水能力強的“地下水庫”，具有以豐補欠的調節功能。在水資源循環途經過程中，地表水和地下水頻繁多次轉化，因此新疆地表水和地下水是不可分割的統一體。
新疆水資源總量相對比較穩定，年際變幅較小，但隨著人口增加和經濟發展，各地用水量逐年增加，“資源型、水質型和工程型”缺水問題日益嚴重。水資源在開發利用過程中，主要存在以下五個方面的問題：一是有效利用程度低，水資源浪費嚴重；二是總量上供需失衡，時空上供需矛盾尖銳；三是水資源污染嚴重，污水處理能力弱；四是農業用水占比大，嚴重擠占生態用水；五是地下水資源普遍超采，局部地區出現地下水漏斗區。因此，“調整用水結構、建設節水社會、管理水資源紅線”，同時“加強水權體系建設，尤其要落實以水定地，增加水資源的利用率”，不僅有利于推進新疆“綠洲區防沙治沙、水資源高效利用和環境保護”和構建“三屏、兩環、四廊道”的生態安全格局，同時也是建設社會主義生態文明的最基本保障。
