為全市人民廣為關注的市級重點工程項目——總投資約6.5億元的浙江省上虞市污水處理二期工程，是2007年度上虞市單體投資規模最大的一項建設工程，其工程建設與廉政建設成為各級領導和社會各界、各有關部門的關心的熱點，也是反腐倡廉防控的重點。工程指揮部做到工程建設和廉政建設并舉，在精心打造優良工程、精品工程的同時，努力打造陽光工程、透明工程，保障重點工程一方凈土，確保工程建設的順利進展。
二期工程成立了上虞市預防職務違紀違法工作領導小組，副市長呂軍為組長，紀委、檢察院、工程指揮部等為成員單位。領導小組實行預防工作聯絡員制度及各成員單位聯席會議制度，把法制宣傳、警示教育、案件剖析、預防調研、市場準入、監督檢查等融入工程建設各個環節，并有重點、針對性地加強實時監督。設立二期工程指揮部監察組，由上虞市紀委、財政、審計等部門抽調工作人員常駐指揮部，并作為指揮部內設機構實行日常程序監督、過程監督、財務核查及內審工作，監察組還設立舉報箱，上墻接受投訴舉報。與此同時，工程指揮部不斷健全質量保證體系，從設計、圖審、監理到施工，從業主內部協調管理到質監等部門的外部行業監督管理，圍繞工程進度、質量與過程監管，實行全天候、全方位的監管與程序保障。通過建立較為完善的廉政監督預防體系，確保了監督管理的切實有效。
由于工程指揮部工作人員均是從各部門抽調組建，針對這一實際情況，指揮部從制度入手，規范運作程序，先后制定了《資金支付審批制度》、《小額合同管理辦法》等一系列規章制度，對資金撥付、工程變更等方面做到有章可循，依章辦事，從機制上保障指揮部廉政防控的各項工作落到實處。堅持做到廉政建設與實際工作相結合，與工程質量相結合。如在項目招標過程中，凡是制度規定必須進入招投標程序的，一律公開招投標；一些特殊設備、特殊材料等需詢價采購的，由指揮長會議集體決定，報經工程領導小組或上虞市政府常務會議同意后再實施。在工程監管方面，指揮部工程組、機電組人員堅持現場管理、跟班管理，監理單位做到全過程傍站監控，設計單位、質監單位派員常駐工地，等等。為確保監管成效，指揮部在對全體干部職工實施廉政責任制的同時，加強全體人員的廉政建設和警示教育，如組織觀看職務犯罪現場審判等，提高干部職工的反腐倡廉自覺性，做到警鐘長鳴，常抓不懈。
上虞市污水處理二期工程建設規模為日處理污水22.5萬噸及日排放30萬噸的排海管線。二期工程全部竣工后，與現有的7.5萬噸污水處理項目合并運行，形成日處理30萬噸污水能力，從而使受益范圍覆蓋到2個工業園區及虞中、虞北7個鄉鎮（街道）。在相當長的一段時間內，該項目可滿足上虞市工業與生活污水的納管需求，為全市經濟發展、環境保護及社會穩定創造良好的條件。
