《辦法》規定，凡在省內利用取水工程或者設施直接從江河、湖泊或者地下取用水資源的單位和個人，應當向縣級以上水行政主管部門申領取水許可證，并繳納水資源費。征收標準按照地表水和地下水兩個種類分開收取。地表水方面，城鄉生活取用水費用為0.06元/立方米，工業取用水費用為0.08元/立方米，其他取用水費用0.12元/立方米。地下水方面，如果是自來水公共管網覆蓋區域，城鄉生活取用水和工業取用水費用是0.50元/立方米，其他取用水費用1.20元/立方米；如果是自來水公共管網沒有覆蓋的區域，城鄉生活取用水和工業取用水費用是0.25元/立方米，其他取用水費用0.60元/立方米。城鄉自來水企業取用地下水費用按0.15元/立方米收取。
另外，《辦法》還明確了地熱水、礦泉水水資源費征收標準，其中居民用地熱水調整為0.90元/立方米。新的地熱水資源標準還區分了公共澡堂和桑拿的價格，公共澡堂、溫泉水廠價格調整為0.50元/立方米，桑拿用水收費標準定為2.00元/立方米。生產、經營使用礦泉水費用定為1.5元/立方米，居民等使用礦泉水費用定為0.60元/立方米。
5類情形可免征水資源費按照《辦法》規定標準，有5類情形不需要申領取水許可證和免征水資源費：農業集體經濟組織及其成員使用本集體組織的水塘、水庫中的水的；家庭生活和零星散養、圈養畜禽飲用等年取用地表水水量在3000立方米以下、地下水水量在1000立方米以下取水的；為保障礦井等地下工程施工安全和生產安全必須進行臨時應急取（排）水的；為農業抗旱、維護生態與環境、消除對公共安全或者公共利益危害臨時應急取水的；法律法規另有規定的。
根據國家的《取水許可和水資源費征收管理條例》，征收的水資源費將全額納入財政預算，由財政部門按照批準的部門財政預算統籌安排，主要用于水資源的節約、保護和管理以及水資源的合理開發。
