1998年自治區物價局、水利廳批復河套灌區成本水價為5.3分/方。從1999年到2009年，灌區水價一直執行4分/方的標準。從2010年開始，市政府根據國家、自治區及灌區農業節水的迫切要求，將水價調整為5.3分/方。2012年開始，按照《自治區政府關于印發<自治區水資源費征收標準及相關規定的通知>》要求，對超指標農業用水按標準加收水資源費。由于水價長期偏低，價格杠桿調節農業節水作用極度弱化，群眾節水意識淡薄，深澆漫灌浪費水的傳統陋習很難改變，灌區工程折舊費用無法計提，維修養護費用捉襟見肘，渠道滲漏損失嚴重，工程安全問題突出，灌區管理單位入不敷出，長期負債經營，直接影響正常的農業灌溉和水利事業健康有序發展。調整河套灌區農業水價，目的就是要充分發揮價格杠桿的調節作用，提高農民節水意識，緩減河套灌區經營困難，保證農民用水需求，推進灌區水利基礎設施建設，保障灌區正常運行。新增水費將主要用于灌區節水改造、供排水設施維修以及信息化配套、群管組織能力建設等方面，實現水利工程良性運行，逐步提高農業節水的內生潛力和畝均效益。
由于農業水價調整政策性強、涉及面廣，在水價調整過程中，灌區將開展深入廣泛的政策宣傳工作，取得灌區用水群眾充分理解和支持，確保水價調整穩妥有序進行。同時將配套落實以下保障措施:一是深化自身改革，加強內部管理，開源節流，嚴格控制經費支出，約束供水成本，逐步實現收支平衡；二是積極爭取上級投資，大力實施灌區節水改造，推進中低產田改造、農業開發和小型農田重點縣建設，逐步改變河套灌區農田水利設施落后的現狀，提高用水效率和農業畝均效益，繼續引導農民調整種植結構，推廣集中連片規模化種植，推行滴灌、噴灌等田間節水技術，大力開展平地縮塊，降低畝均用水量；三是規范計量收費，加強對水費流程全過程的監管，認真落實計劃用水和直口輪次結算制度，加強用水協會能力建設，規范用水協會運行管理制度，逐步細化分水配水和計費單元，積極穩妥開展開票到戶工作；四是全面實行供水收費公開制度和供需雙方共測互監、簽字認可制度，按照輪次、階段和年度分別向用水群眾和鄉鎮、村組予以公開，提高供水收費透明度；五是理順收費秩序，堅決取消在收取水費時的各種搭車收費和各種亂收費,堅決打擊惡意拖欠水費等不良現象,探索建立農村弱勢群體農業水費救助補貼機制。
