為提升供水水質，近年來東江水務大力推進水廠和管網的升級改造。據不完全統計，2009年至今，東江水務已投入1.82億元用于水廠升級改造，及逾1.14億元用于供水管網改造。
水廠升級改造上，2009年投入1.2億元，在第六水廠常規工藝的基礎上增加臭氧-生物活性碳深度處理工藝。同時，為了提高水廠應對水源水突發性污染的應急能力、保障供水安全，近年來共投入2000多萬元，在所屬各水廠增設高錳酸鉀、粉末活性碳和堿投加系統等應急處理工藝。
為了提高加氯間的安全性，東江水務于2009年投入227萬元對第三、四、五水廠加氯間進行全面改造。2010年，共投入約455萬元，對所屬各水廠廠區管網及設備進行全面防腐處理。隨后，又于2012-2013年投入624萬元，在所屬各水廠增加投堿工藝。
為了提高水廠對水源水季節性污染的應對能力，東江水務于2012年投資250多萬元對第二水廠濾池進行改造。
